Phượng sắp kết thúc mùa giải đầu tiên khá thất vọng. Anh không được ra sân trận nào tại J.League (Vô địch quốc gia Nhật Bản), trong khi Yokohama FC của anh cũng sắp chia tay giải đấu này vì thất thế ở cuộc đua trụ hạng.
Thời gian tại Nhật Bản, Phượng ăn tập cùng đội bóng, nhưng chủ yếu chỉ ra sân tại sân chơi dành cho đội hình 2 hoặc các trận đấu giao hữu. Tất cả những gì Phượng có là 1 phút ra sân ở Cúp quốc gia Nhật Bản hồi tháng 4.
Quãng thời gian này quá ít ỏi với Công Phượng, khiến truyền thông Nhật Bản tin rằng anh nên trở về Việt Nam để duy trì sự nghiệp. Tờ Tribephiên bản tiếng Nhật nhận định: "Công Phượng gia nhập Yokohama FC từ HAGL theo hợp đồng 3 năm nhưng anh chưa ra sân trận nào tại J.League. Anh chỉ thi đấu 1 phút trong trận gặp Nagoya, thậm chí không kịp chạm bóng.
ĐT Việt Nam dưới sự dẫn dắt của HLV Philippe Troussier đã thi đấu tại vòng loại World Cup gặp Philippines và Iraq. Tuy nhiên, trong loạt trận này, tiền đạo của Yokohama FC không được lựa chọn.
Công Phượng hiện chỉ tham gia các trận đấu giao hữu hoặc tập luyện tại Yokohama FC.
Việc bị loại khỏi đội tuyển quốc gia trong hai đợt tập trung liên tiếp (tháng 10 và tháng 11) đã khiến Công Phượng bị lãng quên. Người ta lo ngại rằng nếu tiếp tục thi đấu tại J League, việc trở lại đội tuyển quốc gia sẽ càng trở nên khó khăn hơn đối với anh. Công Phượng không được triệu tập dù không gặp chấn thương là do anh không nằm trong kế hoạch của HLV Troussier.
Tiền đạo này đã tham gia trận đấu thế chỗ trong trận giao hữu với Palestine vào tháng 9 và đã ghi bàn thắng quan trọng cho đội nhà. Mặc dù Công Phượng đã chứng minh được khả năng của mình khi đóng vai trò dự bị, nhưng có vẻ như điều đó chưa đủ để giành được lòng tin của HLV Troussier.
Yokohama FC hầu như chắc chắn sẽ xuống hạng, và tuy nhiên Tribe tin rằng ngay cả khi xuống hạng Nhì của Nhật Bản, Công Phượng vẫn không có nhiều cơ hội ra sân. Do đó, họ tin rằng việc quay về Việt Nam hoặc được Yokohama FC cho mượn là lựa chọn tốt nhất cho Công Phượng.
"Báo cáo cho biết rằng Công Phượng vẫn đang ký hợp đồng với CLB Yokohama. Có vẻ như lựa chọn duy nhất của anh là chấm dứt hợp đồng sớm để trở về Việt Nam hoặc được gửi đi theo dạng cho mượn", tờ báo phân tích.